جهاددانشگاهی در مسیر رسالت انقلابی و علمی خود، همواره مورد توجه و تأکید رهبر معظم انقلاب اسلامی بوده است؛ حضرت آیتالله خامنهای در دیدار ۱۱ شهریور ۱۳۶۹ با اعضای شورای مرکزی جهاددانشگاهی فرمودند: جهاددانشگاهی میتواند دستگاهی باشد که با فعالیتهای فرهنگی و تحقیقاتی خود قشر جوان و دانشجوی کشور را در داخل دانشگاهها هدایت کند و آنان را به پختگی و کمال لازم برساند. ایشان همچنین، در دیدار ۱۱ شهریور ۱۳۸۲ با پژوهشگران پژوهشگاه رویان، دستاوردهای جهاددانشگاهی در حوزه سلولهای بنیادی را جلوهای از ظرفیت بیپایان استعدادهای ملت ایران دانستند.